În anul 1837, biserica și cimitirul au fost înconjurate cu un zid de piatră, iar înmormântările au continuat până la mijlocul secolului XX.
Aici își dorm somnul de veci reprezentanți ai vechilor familii boierești din Basarabia — Râșcanu, Krupensky, Donici, Catargi, Ralli, Cațichi și alții. Cea mai veche piatră funerară păstrată datează din anul 1783 și este inscripționată cu cifre chirilice.
În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, în cimitir au fost înmormântați prizonieri de război de naționalitate germană, austriacă și maghiară.
În anii 1950–1960 a început distrugerea sistematică a cimitirului: mai întâi, pe acel loc au apărut construcții individuale, iar în anii 1970 a fost construit un drum de mare viteză. Rudele au fost invitate să transfere rămășițele, iar restul mormintelor au fost rase de pe fața pământului. Biserica a continuat să funcționeze, însă cimitirul dispărea treptat.
O parte dintre pietrele funerare ale familiilor boierești au fost mutate lângă zidurile bisericii și se păstrează până în prezent ca un mic „colț” istoric al secolului XIX, îngrijit de slujitorii parohiei.
Astăzi, din necropolă a mai rămas doar o zonă restrânsă în apropierea bisericii, cu monumente vechi, în timp ce restul teritoriului a fost ocupat de clădiri moderne și de șosea. Locul este frecvent ținta vandalismului și a inscripțiilor grafitti.
Deși aproape în întregime distrus, cimitirul Rîșcani rămâne un loc de memorie istorică a Chișinăului. Soarta sa reflectă transformările urbane și atitudinea autorităților față de patrimoniul generațiilor trecute.
